A következő évek újabb sikereket hoztak. Kiemelkedett közülük Lotaringiai Károly nagyharsányi győzelme (1687) és Belgrád elfoglalása (1688). 1689-ben már Szerbia jó részéről is kiszorultak a törökök. Ekkor azonban fordult a kocka. Mivel XIV. Lajos ismét háborút kezdett nyugaton, a császári haderőt részben ki kellett vonni a török hadszíntérről. Az újjászervezett török hadvezetés betört Erdélybe, és visszafoglalta Belgrádot (1690). 1691-ben már magyar területen támadott. Szalánkemén mellett az egész háború egyik legvéresebb ütközete zajlott le. A császári seregek győzelme után 12000 török maradt a csatamezőn, de a győztesek vesztesége is 7000 halott és sebesült volt. A későbbiekben még többször próbálkoztak a törökök visszaszerezni a magyarországi hódoltságot, míg végül 1697-ben Zentánál Savoyai Jenő döntő győzelmet aratott fölöttük. A szultán béketárgyalásokra kényszerült. Az 1699-es karlócai béke végre szentesítette a magyarországi török hódoltság megszűntét. Temesvár és környéke kivételével a törökök valamennyi korábbi hódításukról lemondtak.

Bár hazánk felszabadításában a császári seregek játszottak döntő szerepet, jelentős volt a magyar katonaság részvétele is. A Zrínyi Miklós elképzelte önálló nemzeti hadsereg ugyan nem jött létre, de magyar egységek a császári hadvezetésnek alárendelve részt vettek valamennyi fontos hadműveletben. A magyar főkapitányságok csapatainak kötelékébe mind több egykori kuruc lépett.

Elképzelhetetlen lett volna a hosszú háború sikeres megvívása a magyar lakosság, elsősorban a jobbágyság óriási anyagi áldozatai nélkül. A hadseregek élelmezését 50-70%-ban a magyar vármegyék fedezték. A lakosság szenvedte meg leginkább az elhúzódó háború szörnyűségeit. A törökök és tatár segédcsapataik kíméletlenül pusztítottak, de kétségbeejtő helyzetet teremtettek a kiélt, feldúlt területeken az önkényeskedő császári csapatok is. Bécs új adókat vezetett be: a porciót ( a beszállásolt császári katonák ellátása) és a forspontot ( a császári katonák gyülekezőhelyre való szállítása).

Az udvar magyarországi politikája gyökeresen megváltozott az 1681-es soproni országgyűlés végzéseihez képest. A császári csapatok győzelmei módot adtak I. Lipótnak az abszolutista kormányzás újbóli bevetésére. Az 1687-es országgyűlésen a rendek lemondtak a szabad királyválasztásról, és az Aranybulla ellenállási záradékát is hatályon kívül helyezték.

Egyre több jele mutatkozott annak, hogy Lipót a rendek félreállításával kíván Magyarországon kormányozni. A karlóci béketárgyalásokon magyar megbízottak nem lehettek jelen. A döntések rólunk, de nélkülünk születtek. A visszafoglalt területeken a magyar kormányszékek jogköre nem állt vissza. Az egykori hódoltság birtokainak sorsáról a bécsi udvari kamarától függő Újszerzeményi Bizottság döntött. Ha az egykori birtokos család igazolta is jogosultságát, csak a birtok értékének 10 %-át kitevő "fegyverváltság" kifizetése után juthatott tulajdonához. A birtokok jelentős részét császári tábornokoknak és hitelezőknek adományozták. Az elviselhetetlenség határáig emelkedtek az országgyűlés jóváhagyása nélkül kivetett adók. Új lendületet kapott a protestánsüldözés.

Rákóczi szabadságharc sikerei, kudarcai.
A török kiűzése Magyarországról döntően idegen segítséggel történt. Ez a tény felerősítette Bécs abszolutisztikus törekvéseit. Így az 1687. évi országgyűlés I. Lipót elfogadtatta a szabad királyválasztásról és az ellenállási záradékról való lemondást. Állami adókkal terhelték a jobbágyságot, de kísérlet történt a nemesség megadóztatására is. Hírhedtté váltak Caraffa generális fosztogatásai és kivégzései a nemesség és polgárság körében ("eperjesi vésztörvényszék"). A vallásüldözéseket rendkívüli bizottság folytatta. A Neoaquistica Comissio a nemesség anyagi érdekeit sértette. Erdélyt különválasztva katonai igazgatás alá helyezték. A nemesség és jobbágyság sérelmei Habsburg-ellenes felkeléshez vezettek.

1697-ben a Felső-Tisza vidékén bujdosó szegénylegények felkelését, a hegyaljai felkelést a császári katonaság elfojtotta. A nemesség között is megindult a szervezkedés. II. Rákóczi Ferenc, az ország egyik legnagyobb birtokosa XIV. Lajos támogatását kérte. Levelei a császáriak kezébe kerültek. Letartóztatták, a bécsújhelyi börtönbe zárták. Innen megszökött Lengyelországba, csatlakozva barátjához, Bercsényi Miklóshoz. Brezán várában kereste fel Esze Tamás, kérve, hogy álljon az elkeseredett parasztság élére. Rákóczi vállalta a vezetést, és a brezáni kiáltványban harcba szólította a Habsburgok ellen az ország minden lakosát, nemeseket és címnélkülieket egyaránt. Bár Károlyi Sándor 1703-ban Dolhánál szétverte a felkelő sereget, Rákóczi átlépve a magyar-lengyel határt, a felkelés élére állt. Az átadott zászló: Cum Deo pro patria et libertate (Istennel a hazáért és a szabadságért) felirattal mozgósító erővel hatott.

A felkelés kedvező nemzetközi helyzetben indult. A spanyol örökösödési háborúban francia sikerek születtek; úgy látszott, hogy XIV. Lajos nemcsak pénzzel segíti majd Rákóczit, hanem a két sereg összehangolt támadására is lesz lehetőség. A kuruc sereg létszáma rohamosan nőtt, főleg a jobbágyok csatlakozása nyomán.

Az 1703-ban kiadott vetési pátensnek nagy szerepe volta parasztság tömeges csatlakozásában. Ugyanakkor Rákóczi a nemesség megnyugtatására eltiltotta a katonaságot a kastélyok megtámadásától. A pátens a hadba vonuló jobbágyokat és családtagjaikat mentesítette nemcsak a közterhek, hanem a földesúri szolgáltatás alól is.

A kuruc hadak sikereket értek el a Felvidéken, a Duna-Tisza közén, a Maros vidékén, ám a Szerb határőrök szembefordultak a felkeléssel.
1704-ben Rákóczit az erdélyi rendek fejedelemmé választották. A kuruc seregek legénységét főleg a nem nemesi rétegek alkották. A tisztikar viszont a nemesekből került ki. Rákóczi óriási erőfeszítéseket tett arra, hogy képezze seregét, hogy fel tudják venni a harcot a császári csapatok ellen. Központosító, az abszolutizmus vonásait hordozó államépítő elképzeléseit a kuruc oldalra állt mágnásokkal szemben is igyekezett megvalósítani. Udvari Tanácsát széleslátókörű, művelt nemesekből állította össze, akik az államigazgatás ágai szerint szakosodva készítették elő a fejedelem döntéseit.

1704-ben változás állt be a nyugati fronton. Rákóczi szövetségesei, a franciák a höchstädti csatában vereséget szenvedtek a szövetségbe tömörült angol-holland, valamint császári csapatoktól, melyeket Marlborough herceg és Savoyai Jenő vezetett. A császári sereg győzelme hatással volt a szabadságharc további menetére is. Katonai sikerek és kudarcok váltogatták egymást 1704-1705-ben. Rákóczi csapatai vereséget szenvedtek Heister császári tábornagytól a Dunántúlon, Rabutintól pedig Erdélyben.

Ugyanakkor 1705. végére Bottyán János csaknem az egész országot megtisztította a császáriaktól. A sikerek és kudarcok sereg létszáma megnőtt. 1707-ben Erdély és a Dunántúl egyidejűleg kuruc fennhatóság alá került. 1708-ban Heister császári tábornagy megalázó vereséget mért a Rákóczi vezette hadakra. Ezután a kuruc sereg felére csökkent, a katonák vagy szétszéledtek, vagy - több főtiszt ezredével együtt - átpártoltak a császáriakhoz. 1708-ban Béri Balogh Ádám győzelmet aratott a császáriak fölött Kölesdnél, de 1709-re Heisterrel szemben kiüríteni kényszerült a Dunántúlt. Az 1710. évi romhányi csata után kibontakozó offenzíva, melynek célja a Dunántúl visszaszerzése, volt gyorsan összeomlott. A kurucokellenőrzése alatt álló terület Felső-Magyarországra zsugorodott össze.

Rákóczi a maga seregének magvát a társadalom kiváltságokkal nem rendelkező rétegeiből építette ki: a végvárrendszer felszámolta hivatásos magyar katonáiból, örökös jobbágyokból, megélhetésüket vesztett vállalkozó parasztokból (mint amilyen, pl. a sókereskedelemből élő Esze Tamás volt). Rákóczi fokozatosan akarta megerősíteni állandó haderejének gerincét. A hadsereget nem tudták korszerű fegyverekkel egyenletesen ellátni. A fegyvernemek között a lovasság fölénye érvényesült. A korszerű hadviselés ellenben erős gyalogságot és jó tüzérséget kívánt volna. A tüzérséget és műszaki alakulatokat francia tisztek és hadmérnökök segítségével szervezték meg. A zsoldos fedezése érdekében Rákóczi kénytelen volt adókat kivetni, majd a pénzrontás eszközéhez folyamodni.

1705-ben a szécsényi országgyűlés Rákóczit vezérlő fejedelemmé választotta. Az új államformát rendi konföderációban jelölte meg. A hadügyi, külügyi és pénzügyi kérdésekben a fejedelem döntött. A fejedelem mellett az Udvari Tanács helyébe a 28 tagú szenátus működött. Hatásköre csak belpolitikai kérdésekre terjedt ki. A fejedelmi kancelláriát Ráday Pál vezette. A Gazdasági Tanács legfőbb feladata a hadsereg fegyverrel, felszereléssel és élelemmel való ellátása. Fegyvergyártó manufaktúrákat alapított, az élelmezés megkönnyítésére tárházakat állított fel.

A szabadságharc összeomlásának legfontosabb okai közé az tartozik, hogy a császáriak katonailag fölényben voltak. Rákóczi a vereségek egyik okát tisztjei felkészületlenségében látta. A rajtaütéses harcmodor csak akkor lehetett hatékony, ha a lakosság is támogatta.

Lipót császár halála után remélni lehetett a megállapodást: József a felkelés felszámolása helyett, kereste a megegyezés útját. A tárgyalást szorgalmazta annak ellenére, hogy 1707-ben az ónodi országgyűlés kimondta a Habsburg-ház trónfosztását. Ezen az országgyűlésen kerültek felszínre a fejedelem és a rendek ellentétei. A rendek egyre inkább sérelmezték, hogy az ország jövedelmeivel, hadseregével a fejedelem rendelkezik, és akaratát a hadseregre támaszkova az országgyűlésen és a vármegyékben is érvényesíti. A nemesi adómentességen ütött rés mellett a fölesurakat veszteség érte, mivel a harcoló jobbágyoknak és családjuknak megadott szabadság (1708) 10 ezer jobbágyot vont ki a földesurak keze alól. Amit a földesurak soknak, azt a parasztok kevésnek tartottak. A rézpénz fokozatosan elértéktelenedett, az árak emelkedtek. Pestis irtotta a lakosságot. A termelés visszaesése a hadsereg ellátását is komolyan veszélyeztette.

Franciaország meggyengülése arra késztette Rákóczit, hogy máshol keressen támogatást. Követei tárgyalásokat folytattak a porosz, a dán udvarba, a svéd, a lengyel királynál, de eredménytelenül. XIV. Lajos - miután békét kötött a Habsburgokkal - még az anyagi támogatást is megvonta. Megnőtt viszont az orosz kapcsolatok jeltősége. Varsóban a fejedelem szerződést kötött 1707-ben I. Péter cárral. A svédek újabb támadása Péter ellen azonban néhány hónap alatt tárgytalanná tette a szerződést; csupán diplomáciai támogatást kapott a cártól.

A külpolitikai elszigeteltségéhez járult a belső helyzet erős romlása. Károlyi tárgyalásokat kezdett Pálffy János császári tábornaggyal. 1711-ben a szatmári gyűlésen a rendek elfogadták a békeokmányt, április 30-án írták alá. Másnap a majtényi síkon letették a kuruc csapatok a fegyvert. A béke amnesztiát ígért, ami mindenkire kiterjed, amennyiben visszatér. A földesurak visszakapják elkobzott birtokaikat. Érvényben maradnak a parasztkatonák Rákóczitól kapott kiváltságai, persze nem válhattak szabaddá a kuruc hadsereg jobbágykatonái. Az uralkodó tiszteletben tartja az alkotmányt, biztosítja a protestánsok vallásszabadságát. Az adott külpolitikai viszonyok között ennél többet még győzelem estén sem remélhettek volna Rákóczi hívei. Az elért kompromisszum lehetővé tette, hogy helyreálljon a rend, és a korábbinál kedvezőbb feltételek közt indulhasson el az ország a felemelkedés útján. Rákóczi azonban nem tért haza, hanem önkéntes számüzetésbe ment az Oszmán-török Birodalomba, Rodostóban (a mai Tekirdag) telepedett le.